橋本病は、自分の体を守るための仕組みである“免疫”が、甲状腺に反応してしまうことで起こる自己免疫疾患です。本来であれば外部からのウイルスや細菌などに対抗するための免疫システムに何らかの異常が起こり、甲状腺を攻撃する「自己抗体」（抗サイログロブリン抗体：TgAb、抗甲状腺ペルオキシダーゼ抗体：TPOAb）ができてしまい、甲状腺に炎症を引き起こします。この状態が長く続くと甲状腺ホルモンが作れなくなってしまい、甲状腺機能低下症に至ることがあります（甲状腺の炎症が慢性的に続くことから、「慢性甲状腺炎」とも呼ばれます）。

この自己抗体が作られてしまう原因は詳しくは分かっておらず、遺伝的なものに加えて、ストレスや過労などの環境要因やヨード摂取過剰（海藻類の摂取・薬剤など）が関わっていると考えられています。また妊娠や出産といった体内環境が大きく変化するタイミングで発症する例もあります。

橋本病の診断では以下の検査を行い、結果を総合的に判断したうえで診断します。

血液検査で甲状腺ホルモンの値を調べる

甲状腺刺激ホルモン受容体に対する抗体の有無を調べる

甲状腺超音波検査

甲状腺機能が正常であれば治療の必要はありません。機能が低下している場合には、基本的に足りない甲状腺ホルモンを補充する薬物療法を行います。