抗甲状腺薬という薬を定期的に服用し、甲状腺ホルモンの合成を抑えることで、過剰となっている血液中の甲状腺ホルモンの量を正常にする治療です。最も一般的な治療方法で、この治療を始めてから1～3か月で甲状腺ホルモンが正常になる方が多いです。
薬を飲み続けるだけで治療ができますが、治療が長期間となり（治療が必要なくなるまでに2～3年かかることが多いです）、再発する場合もあります。また、稀ですが重篤な副作用が起こる場合もあることです。
抗甲状腺薬の副作用として、発疹、かゆみ、肝機能障害などがあります。また、ごく稀ではありますが無顆粒球症といって、放っておくと命にかかわるような副作用が起こることもあります。抗甲状腺薬を開始してから最初の3か月は特にまめな定期受診が必要で、2週間ごとの通院と血液検査を受けることが大切です。

抗甲状腺薬による治療の効き目が芳しくない場合や、副作用が強く出てしまう場合に選択されることがある治療法です。放射線を出す性質をもったヨウ素（放射性ヨード）のカプセルを飲むことで甲状腺の細胞を破壊し、甲状腺ホルモンの分泌量を抑えます。
抗甲状腺薬と比べて治療期間が短期間であり、再発も少ない治療法ですが、放射性ヨードによる甲状腺細胞の破壊は長期間続くため、将来的には逆に甲状腺機能低下症の状態になり、今度は甲状腺ホルモン製剤を飲み続けなくてはいけなくなります。
妊娠中・妊娠の可能性のある患者さま、授乳中の患者さまには行うことができません。

甲状腺を全部（全摘術）または一部を残して（亜全摘術）切除する治療法です。特に甲状腺の腫れがひどい場合や、抗甲状腺薬による効き目が芳しくない場合、副作用が強く出てしまう場合に選択されます。アイソトープ療法と同様、抗甲状腺薬治療よりも短期間での治療が可能であり、全摘出術の場合は再発はありませんが、将来的に甲状腺機能低下症を引き起こしてしまうリスクがあります。また外科的な治療のため、のどに小さな傷が残ります。